Budidaya Perairan merupakan sebuah Program Studi S1 dan pertama kali dibentuk pada tahun 2006 yang dimana Program Studi ini masih di bawah naungan Fakultas Pertanian. Pada tahun 2015 didirikan gedung perkuliahan dengan status di bawah naungan Rektor. Pada akhir tahun 2018 Program Studi Budidaya Perairan kembali di bawah naungan Fakultas Pertanian.
Akeditasi yang diperoleh program studi Budidaya Perairan adalah B. Untuk memperoleh sertifikat akreditasi dapat mengakses link yang ada dibawah ini
